การแพ้ถุงยางอนามัยส่วนมากเกิดจากการแพ้ยาง (latex allergy) ส่วนน้อยเกิดจากการแพ้สารฆ่าอสุจิ (Spermicide)  ถุงยางอนามัยที่มีขายในท้องตลาดส่วนมากทำจากยางธรรมชาติ    ผู้ใช้มีโอกาสแพ้ถุงยางอนามัยได้ 1-3%  อาการแพ้เกิดได้ทั้งในผู้ชายและผู้หญิง  หากแพ้ถุงยางอนามัยจะมีอาการคัน ระคายเคือง มีผื่นแดงขึ้นที่บริเวณอวัยวะเพศ  อาการมักเกิดขึ้น 6 – 48 ชม. หลังใช้ถุงยางอนามัย

          อาการแพ้ถุงยางอนามัยสามารถหายได้เอง  การรับประทานยาแก้แพ้สามารถช่วยรักษาและบรรเทาอาการคันได้  ผู้ที่มีอาการแพ้ถุงยางอนามัยควรเปลี่ยนไปใช้วิธีการคุมกำเนิดแบบอื่น  หรือเปลี่ยนเป็นถุงยางชนิดที่ทำจากสาร polyurethane และไม่ผสมสารฆ่าอสุจิ (Spermicide)

          อาการแพ้อย่างรุนแรงมีโอกาสเกิดน้อยมาก  ผู้ป่วยจะมีอาการหายใจไม่ออก ความดันโลหิตต่ำ บวม  คลื่นไส้อาเจียน  ในกรณีนี้ผู้ป่วยจำเป็นต้องได้รับการดูแลรักษาโดยเร่งด่วน

          บางครั้งอาการที่เกิดขึ้นอาจไม่ได้เกิดจากการแพ้ถุงยางอนามัย  แต่อาจเกิดจากสาเหตุอื่นๆ เช่น การแพ้สบู่ การติดโรคทางเพศสัมพันธ์ เป็นต้น  หากไม่แน่ใจควรปรึกษาแพทย์สูติ-นรีเวช